Księgowość dla lekarzy i gabinetów

Lekarz na kontrakcie w szpitalu, gabinet stomatologiczny z dwoma fotelami i przychodnia zarejestrowana jako podmiot leczniczy mają trzy różne księgowości. Wspólne jest to, co najczęściej idzie źle: granica zwolnienia z VAT przy świadczeniach bez celu leczniczego, obowiązek kasowy, wybór formy opodatkowania przy przejściu z etatu na kontrakt oraz to, jakie dokumenty w ogóle wolno przekazać biuru rachunkowemu.

Prowadzimy księgi — podatkową księgę przychodów i rozchodów, ewidencję ryczałtu albo pełne księgi rachunkowe — rozliczamy podatek dochodowy i VAT tam, gdzie występuje, obsługujemy kadry i płace personelu gabinetu. Pracujemy zdalnie, bo praktyka lekarska rzadko ma czas na wizytę w biurze rachunkowym w godzinach przyjęć.

Dokumenty przekazujesz przez panel klienta. Faktury możesz wystawiać w naszej aplikacji, przygotowanej pod Krajowy System e-Faktur (KSeF) — centralną platformę, przez którą przechodzą faktury ustrukturyzowane; przy rozliczeniach z podmiotem leczniczym ma to znaczenie praktyczne. Na pytania odpowiadamy w ciągu 24 godzin roboczych, a przejęcie ksiąg od poprzedniego biura jest w cenie obsługi.

Zwolnienie zależy od celu świadczenia, nie od obrotu

Ochrona zdrowia korzysta ze zwolnienia przedmiotowego, a nie z limitu kwotowego. Art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług zwalnia usługi w zakresie opieki medycznej, służące profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia, wykonywane w ramach działalności leczniczej przez podmioty lecznicze. Art. 43 ust. 1 pkt 19 rozciąga zwolnienie na te same usługi świadczone w ramach wykonywania zawodu lekarza i lekarza dentysty, pielęgniarki i położnej, zawodów medycznych oraz psychologa. Art. 43 ust. 1 pkt 19a obejmuje sytuację, w której podatnik nabywa takie usługi we własnym imieniu, ale na rzecz osoby trzeciej — czyli refakturowanie.

Kluczowe jest słowo „cel”. Zwolnienie przysługuje świadczeniu, które ma cel terapeutyczny, profilaktyczny albo diagnostyczny. Nie przysługuje świadczeniu, które takiego celu nie ma, nawet jeśli wykonuje je lekarz w gabinecie. Tak tę granicę wyznaczył Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej — m.in. w sprawie C-307/01 dotyczącej orzeczeń i zaświadczeń wydawanych na potrzeby postępowań oraz w sprawie C-91/12 dotyczącej zabiegów z zakresu chirurgii estetycznej.

W praktyce oznacza to, że w jednym gabinecie mogą występować obok siebie:

• świadczenia zwolnione — leczenie, diagnostyka, profilaktyka, medycyna pracy w zakresie profilaktycznym,
• świadczenia opodatkowane stawką podstawową 23% — zabiegi medycyny estetycznej wykonywane wyłącznie w celu poprawy wyglądu, część orzeczeń i opinii wydawanych na potrzeby ubezpieczyciela lub sądu, szkolenia, najem gabinetu innemu lekarzowi, sprzedaż kosmetyków.

Rozdzielenie tych dwóch strumieni jest pracą do wykonania na starcie, a nie po pierwszej kontroli. Przy zabiegach z pogranicza — rekonstrukcja po chorobie, korekta wady wpływającej na zdrowie — decyduje udokumentowane wskazanie medyczne. Dokumentację uzasadniającą zwolnienie trzeba mieć wtedy, gdy zabieg jest wykonywany, a nie odtwarzać ją później.

Limit 240 000 zł a sprzedaż zwolniona

Gdy w gabinecie pojawia się sprzedaż opodatkowana, wraca pytanie o zwolnienie podmiotowe. Przysługuje ono do 240 000 zł wartości sprzedaży rocznie (art. 113 ust. 1 ustawy o VAT w brzmieniu od 1 stycznia 2026 r.).

Istotny jest sposób liczenia tego limitu: do wartości sprzedaży nie wlicza się sprzedaży zwolnionej przedmiotowo, z wyjątkami wskazanymi w art. 113 ust. 2. Przychód z samego leczenia limitu więc nie „zjada”. Liczy się to, co opodatkowane — estetyka, najem, szkolenia, sprzedaż towarów. Przy przekroczeniu progu obowiązek rejestracji jako czynny podatnik VAT dotyczy tej części działalności, a leczenie pozostaje zwolnione. Pojawia się wtedy odliczenie częściowe i konieczność przypisania zakupów do jednej albo drugiej sfery.

Osobno działa sprzedaż wyrobów medycznych. Część z nich jest objęta stawką obniżoną 8% na podstawie załącznika nr 3 do ustawy o VAT, ale warunkiem jest dopuszczenie do obrotu na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej w rozumieniu przepisów o wyrobach medycznych. Kwalifikacja konkretnego produktu wymaga sprawdzenia jego statusu — nie zgadujemy jej z nazwy handlowej.

Bez limitu obrotu, z wyjątkiem dla teleporad

Rozporządzenie Ministra Finansów z 17 grudnia 2024 r. w sprawie zwolnień z obowiązku prowadzenia ewidencji sprzedaży przy zastosowaniu kas rejestrujących (Dz.U. poz. 1902) wyłącza w § 4 ust. 1 pkt 2 ze zwolnień usługi w zakresie opieki medycznej świadczone przez lekarzy i lekarzy dentystów. Ogólny limit 20 000 zł rocznego obrotu na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej tu nie działa — kasa jest potrzebna od pierwszej wizyty pacjenta prywatnego.

Rozporządzenie przewiduje jednak wyjątek dla świadczeń zdalnych (§ 4 ust. 3). Obejmuje on usługi wykonywane wyłącznie przy wykorzystaniu środków porozumiewania się na odległość, przy zapłacie w całości za pośrednictwem rachunku bankowego i przy ewidencji pozwalającej ustalić, jakiej konkretnie usługi dotyczyła płatność. Wszystkie warunki muszą być spełnione łącznie — częściowe spełnienie nie wystarczy, a jedna wizyta stacjonarna opłacona gotówką przesądza sprawę.

Warto pamiętać, że zwolnienie z VAT i obowiązek kasowy to dwie niezależne rzeczy. Lekarz zwolniony przedmiotowo z VAT nadal ewidencjonuje sprzedaż konsumencką na kasie i wydaje paragony. Rozliczenia z podmiotem leczniczym albo z Narodowym Funduszem Zdrowia to sprzedaż na rzecz podmiotu, więc obowiązku kasowego nie rodzą.

Ryczałt 14%, liniowy i granica przy byłym pracodawcy

Usługi w zakresie opieki zdrowotnej sklasyfikowane w dziale 86 PKWiU objęte są na ryczałcie stawką 14% (art. 12 ust. 1 pkt 2a lit. a ustawy z 20 listopada 1998 r. o zryczałtowanym podatku dochodowym). Stawka dotyczy usług faktycznie wykonywanych, a nie tytułu zawodowego — świadczenia spoza działu 86, na przykład szkoleniowe albo doradcze, klasyfikuje się osobno i mogą podlegać innej stawce.

Wybór między ryczałtem, podatkiem liniowym a skalą podatkową zależy w praktyce od struktury kosztów. Lekarz na kontrakcie, którego jedynym realnym kosztem są składki, ubezpieczenie odpowiedzialności cywilnej i szkolenia, wypada zwykle inaczej niż gabinet stomatologiczny z fotelem, sterylizacją, materiałami i personelem. Ryczałt liczy się od przychodu i kosztów nie widzi; skala i liniowy pozwalają je odliczyć, ale mają inną podstawę składki zdrowotnej.

Właśnie dlatego porównywanie samych stawek podatku prowadzi na manowce. Sposób liczenia składki zdrowotnej różni się między formami opodatkowania (art. 81 ustawy z 27 sierpnia 2004 r. o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych), a przy wyższych dochodach potrafi ważyć więcej niż różnica w podatku. Liczymy warianty razem ze składką i pokazujemy różnicę na Twoich liczbach.

Jest jeszcze bariera, o którą najczęściej rozbija się przejście z etatu na kontrakt. Podatnik traci prawo do podatku liniowego, jeżeli w tym samym roku podatkowym świadczy na rzecz byłego lub obecnego pracodawcy usługi odpowiadające czynnościom, które wykonywał w ramach stosunku pracy (art. 9a ust. 3 ustawy z 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych). Analogiczne wyłączenie dla ryczałtu zawiera art. 8 ust. 2 ustawy o zryczałtowanym podatku dochodowym. Lekarz odchodzący ze szpitala i wracający do niego na kontrakt w tym samym roku musi to sprawdzić przed podpisaniem umowy, a nie w kwietniu następnego roku.

Termin wyboru formy jest sztywny: oświadczenie składa się do 20. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym osiągnąłeś pierwszy przychód w roku podatkowym (a gdy pierwszy przychód przypadł w grudniu — do końca roku podatkowego).

Praktyka zawodowa, podmiot leczniczy i wpis do rejestru

Działalność lecznicza jest działalnością regulowaną. Ustawa z 15 kwietnia 2011 r. o działalności leczniczej rozróżnia podmioty lecznicze oraz praktyki zawodowe — indywidualne, indywidualne specjalistyczne i grupowe (art. 5). Wykonywanie działalności leczniczej wymaga wpisu do rejestru podmiotów wykonujących działalność leczniczą, prowadzonego elektronicznie (art. 100 i nast.), a wpis musi poprzedzać rozpoczęcie działalności.

Wybór formy ma bezpośrednie skutki księgowe. Praktyka zawodowa prowadzona jako jednoosobowa działalność rozlicza się w podatkowej księdze przychodów i rozchodów albo w ewidencji ryczałtu — do momentu, w którym przychody netto za poprzedni rok obrotowy osiągną równowartość 2 500 000 euro; wtedy wchodzą pełne księgi rachunkowe (art. 2 ust. 1 pkt 2 ustawy z 29 września 1994 r. o rachunkowości). Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością prowadząca przychodnię prowadzi pełne księgi od pierwszego dnia i jest podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych.

Do tego dochodzi obowiązkowe ubezpieczenie odpowiedzialności cywilnej podmiotu wykonującego działalność leczniczą (art. 25 ustawy o działalności leczniczej). Umowa musi obowiązywać najpóźniej w dniu poprzedzającym rozpoczęcie działalności. Składka jest kosztem uzyskania przychodu przy zasadach ogólnych i przy podatku liniowym; na ryczałcie nie obniża podstawy.

Co trafia do biura rachunkowego, a co nie

To pytanie w gabinecie lekarskim ma inną wagę niż gdzie indziej. Dokumentacja medyczna jest chroniona tajemnicą zawodową i przepisami ustawy z 6 listopada 2008 r. o prawach pacjenta i Rzeczniku Praw Pacjenta oraz przepisami o ochronie danych osobowych. Biuru rachunkowemu nie jest potrzebna i jej nie przyjmujemy.

Do rozliczeń potrzebujemy dokumentów finansowych: faktur sprzedaży i zakupu, raportów fiskalnych, wyciągów bankowych, umów kontraktowych i najmu, dokumentów kadrowych personelu. Zakres i sposób przekazywania ustalamy przed rozpoczęciem współpracy, a dokumenty przechodzą przez panel klienta zamiast krążyć mailem.

Jeżeli rozliczasz się z podmiotem leczniczym na podstawie kontraktu, dochodzi jeszcze KSeF. Faktury między przedsiębiorcami przechodzą przez Krajowy System e-Faktur; obowiązek objął przedsiębiorców od 1 kwietnia 2026 r., a najmniejsze firmy — o łącznej sprzedaży udokumentowanej fakturami nieprzekraczającej 10 tys. zł miesięcznie — obejmie od 1 stycznia 2027 r. (art. 106ga ustawy o VAT wraz z przepisami wprowadzającymi). Ustawiamy to razem z Tobą przed terminem.

Obsługa jednoosobowej działalności gospodarczej zaczyna się od 199 zł netto miesięcznie przy zwolnieniu z VAT i do 20 dokumentów oraz od 299 zł netto przy czynnym podatniku VAT. Spółki i pozostałe formy prowadzenia działalności — od 999 zł netto niezależnie od statusu VAT.

Cena zależy od zakresu: liczby dokumentów, liczby zatrudnionych i tego, czy w gabinecie występuje sprzedaż opodatkowana obok zwolnionej. Bezpłatna jest konsultacja. Rejestracja jednoosobowej działalności jest bezpłatna przy zawarciu umowy na obsługę księgową, a przejęcie ksiąg od poprzedniego biura mieści się w cenie obsługi.

Jak zaczynamy

1. Bezpłatna konsultacja — rozmawiamy o formie praktyki, rodzajach świadczeń, kontraktach i sposobie przyjmowania płatności. Bez zobowiązania.
2. Analiza i wycena — sprawdzamy zakres zwolnienia z VAT, obowiązek kasowy, dostępne formy opodatkowania i liczbę dokumentów. Na tej podstawie podajemy cenę.
3. Przejęcie dokumentacji — odbieramy dokumenty finansowe od poprzedniego biura i sprawdzamy stan otwarcia. Rozbieżności zgłaszamy przed przejęciem odpowiedzialności.
4. Bieżąca obsługa — rozliczenia w terminach, kontakt przez panel i telefonicznie, odpowiedź w 24 godziny robocze.

Stan prawny na 20 sierpnia 2026 r. Materiał ma charakter informacyjny i nie zastępuje analizy indywidualnej sytuacji praktyki.

• Ustawa z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (art. 43 ust. 1 pkt 18, 18a, 19 i 19a, art. 106ga, art. 113 ust. 1 w brzmieniu od 1 stycznia 2026 r. — limit 240 000 zł, art. 113 ust. 2, załącznik nr 3 — wyroby medyczne)
• Ustawa z 20 listopada 1998 r. o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne (art. 8 ust. 2, art. 12 ust. 1 pkt 2a lit. a)
• Ustawa z 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (art. 9a — termin wyboru formy opodatkowania i ust. 3 dotyczący byłego pracodawcy, art. 30c)
• Ustawa z 27 sierpnia 2004 r. o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych (art. 81 — podstawa wymiaru składki zdrowotnej)
• Rozporządzenie Ministra Finansów z 17 grudnia 2024 r. w sprawie zwolnień z obowiązku prowadzenia ewidencji sprzedaży przy zastosowaniu kas rejestrujących, Dz.U. poz. 1902 (§ 3 — limit 20 000 zł, § 4 ust. 1 pkt 2 — wyłączenie usług lekarzy i lekarzy dentystów, § 4 ust. 3 — wyjątek dla usług świadczonych na odległość)
• Ustawa z 15 kwietnia 2011 r. o działalności leczniczej (art. 5 — formy praktyki zawodowej, art. 25 — obowiązkowe ubezpieczenie OC, art. 100 i nast. — rejestr podmiotów wykonujących działalność leczniczą)
• Ustawa z 6 listopada 2008 r. o prawach pacjenta i Rzeczniku Praw Pacjenta (tajemnica i dokumentacja medyczna)
• Ustawa z 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych (art. 36 ust. 4 — zgłoszenie do ubezpieczeń w 7 dni, art. 36 ust. 17 — zgłoszenie umowy o dzieło na RUD w 7 dni)
• Ustawa z 29 września 1994 r. o rachunkowości (art. 2 ust. 1 pkt 2 — próg 2 500 000 euro)
• Wyroki Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej: C-307/01 (orzeczenia i zaświadczenia bez celu terapeutycznego), C-91/12 (zabiegi chirurgii estetycznej a cel leczniczy)